生物发酵研究所主要从事生物发酵制品的研究与开发、提供相应技术咨询、支持及培训等专业科研研究所。涉及范围主要有微生物菌种筛选及选育、代谢产物研究、农副产品深加工、农产品智能化烘烤、卷烟增香提质、中药微生物炮制、微生物肥料的研制等方面,涵盖了轻工、食品、医药、农业、环保等诸多领域。具有较强的研发团队和先进的科研设施及实验设备。先后承担省部级及以上科研项目50余项,成功开发并转化了糖化酶、甘油、柠檬酸、苹果酸、衣康酸、衣康酸酐、曲酸、抗菌肽、微生态制剂、生物肥料、生物防腐剂等多种产业化的生物制品。获得各级政府奖励五十余项,其中,“黑曲糖化酶活力的提高及其在工业上的应用”荣获国家科技进步一等奖、“发酵法制衣康酸”荣获四川省科技进步一等奖,“发酵法制曲酸”获四川省新产品奖。获得各项专利20余项,发表著作十余部,发表论文100余篇。